O JRS tem um centro de acolhimento com capacidade para 25 migrantes em situação de sem-abrigo, o Centro Pedro Arrupe (CPA). Inaugurado em 2006, o CPA surgiu como resposta a uma necessidade de acolhimento sentida pelo JRS durante o acompanhamento a muitos utentes em situação de grande carência económica.

O CPA encontra-se aberto todo o dia e proporciona um acompanhamento individualizado a cada residente, colocando ao seu dispor uma equipa técnica multidisciplinar. A metodologia assenta essencialmente na participação dos residentes, dos quais é esperado que definam os seus objetivos e os concretizem. A dignidade da pessoa humana e o respeito pelos direitos e vontades dos indivíduos são valores fundamentais defendidos no CPA.