A Câmara Municipal de Lisboa (CML), no âmbito da Agenda Europeia para as Migrações, comprometeu-se a acolher 500 refugiados na cidade, tendo para isso inaugurado o Centro de Acolhimento Temporário de Refugiados (CATR), onde o JRS está presente com uma equipa técnica preparada para dar um acompanhamento especializado aos refugiados acolhidos.

Entre as atividades desenvolvidas pelo centro, em colaboração com a CML, o JRS tem a responsabilidade de rececionar, encaminhar, acolher e acompanhar os refugiados desde a sua chegada ao aeroporto, colaborar com a CML na gestão da capacidade do centro,  elaborar o plano individual de intervenção, assim como prestar acompanhamento individualizado, orientação, atividades de integração, apoio jurídico, acompanhamento a serviços, apoio psicossocial e diagnóstico e avaliar e acompanhar individualmente cada refugiado, após a sua saída do CATR, com periodicidade mensal ou trimestral.