Inspirado pelas perigosas viagens encetadas pelos boat people vietnamitas e cambodjanos em busca do exílio, em finais dos anos 70, o Pe. Pedro Arrupe, então Superior Geral da Companhia de Jesus, apelou a que se providenciasse assistência no terreno.
A pronta e generosa resposta, fê-lo refletir sobre o potencial da Companhia de Jesus para agir de forma mais coordenada no apoio a crises humanitárias dos refugiados e deslocados à força.
A 14 de Novembro de 1980, o Pe. Pedro Arrupe redigiu uma carta à Companhia de Jesus anunciando a fundação do Serviço Jesuíta aos Refugiados, para ajudar aqueles que são esquecidos na tragédia.
Atualmente, o JRS está presente em cerca de 50 países, prestando apoio em situações de emergência social, e nas áreas da saúde, educação, empregabilidade, entre outras. É prioridade do JRS estar onde mais ninguém está e onde faz mais falta. Todos os anos, o JRS acompanha cerca de 950 mil migrantes e refugiados em todo o mundo.